九年义务教育中老师让学生签订自动退学保证书，如果违反纪律，会生效吗？

首先，1.根据《中华人民共和国义务教育法》第27条　对违反学校管理制度的学生，学校应当予以批评教育，不得开除。2.根据《云南省实施《中华人民共和国义务教育法》办法》第37条规定，学校不得责令学生退学、强迫学生转学，开除学生。
其次，根据《民法典》规定，16周岁以下8周岁以上的限制民事行为能力人实施民事法律行为由其法定代理人代理或者经其法定代理人同意、追认。
再次，意思表示不真实，违反法律、行政法规规定的民事法律行为无效。
综上 ，老师让学生签订的自动退学保证书无效。